Το Τμήμα Μηχανικών Περιβάλλοντος έχει συμμετοχή στα παρακάτω τρία Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ):
Αυτοδύναμο ΠΜΣ « Σχεδιασμός και Κατασκευή Τεχνικών Έργων» ΦΕΚ-3478.τΒ.17.09.21.
Διϊδρυματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Υγεία και Περιβαλλοντικοί Παράγοντες» μεταξύ των Τμημάτων Ιατρικής της Σχολής Επιστημών Υγείας, Γεωλογίας της Σχολής Θετικών Επιστημών του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης, Ιατρικής του Δημοκρίτειου Πανεπιστημίου Θράκης και Μηχανικών Περιβάλλοντος του Διεθνούς Πανεπιστημίου της Ελλάδος (ΦΕΚ ίδρυσης 3681/Β/2018).
Διϊδρυματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Νέα Υλικά και Τεχνολογίες στο Σχεδιασμό Δομικών Κατασκευών» του Τμήματος Πολιτικών Μηχανικών της Πολυτεχνικής Σχολής του Δημοκρίτειου Πανεπιστημίου Θράκης σε συνεργασία με το Τμήμα Μηχανικών Περιβάλλοντος του Διεθνούς Πανεπιστημίου της Ελλάδος (ΦΕΚ ίδρυσης 2870/Β/2018).